“科研院所和研究型大学是我国在基础研究和应用基础研究领域进行知识创新、源头创新的两大力量。而长期以来由于这两支力量缺乏健全有效的合作机制，彼此资源不能很好共享，科研设施重复建设，甚至产生了一些无序竞争。而实际上，二者互补性非常强。”

　　刘经南院士分析：以中科院系统的研究所为例，它们科研力量强、科研设施好，同时国家任务多、国家支持力度大，科学院内部也利于团队作战和集体创新；而相对大学而言，单个研究所也存在学科较为单一，多元文化交流少等问题。

　　“而多元、开放的文化是孕育创新思维的摇篮，在这一点上，研究型大学更有优势。”他深深感到，在研究型综合型大学，众多学科的老师、同学间，更容易在思想碰撞中擦出创新的火花。“我还经常就一个科学问题和自己的学生争得面红脖子粗呢！真理面前，人人平等，我之所以取得现在的成绩，学生的创新思维也给了我许多灵感。”不过，相对于科研院所，大学也存在科研基础设施较差、科研团队小，团队作战意识相对较弱，缺少大项目牵引等不足。

　　“我认为，当前我国必须建立一种二者有效科研合作的新机制。”刘经南院士疾呼。在他的设想中，这种合作首先是鼓励科研院所和大学的学者交叉兼职授课，甚至两者联合培养研究生，以拓宽学生的学科视野。进一步，国家要支持两者建立面向任务、面向项目、面向国家需求的联合科研机构，这个机构制度上是“柔性的”，除必要的负责人外，所有研究者都是“铁打的营盘流水的兵”。最后，国家科技部应该探索以这种“柔性”联合方式建立新的国家实验室、国家重点实验室。